Институт создан 1 января 1975 года под названием Вычислительный центр Сибирского отделения АН СССР (ВЦК СО АН СССР).
В 2016 году Институт вошел в состав Федерального исследовательского центра «Красноярский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук» (ФИЦ КНЦ СО РАН) в качестве обособленного подразделения — Институт вычислительного моделирования Сибирского отделения Российской академии наук (ИВМ СО РАН).
Директор Института доктор физико-математических наук профессор В. М. Садовский.
За Институтом закреплено научное направление «Информационно-вычислительное моделирование сложных процессов и систем».
Научный руководитель научного направления «Математическое моделирование» ФИЦ КНЦ СО РАН член-корреспондент РАН В. В. Шайдуров.
В настоящее время в институте работает 109 человек, из них 68,45 ставки научных сотрудников (1 член-корреспондент РАН, 23 доктора и 43 кандидата наук).
